为进一步优化教育资源配置，提升办学条件，促进教育优质均衡发展，在海珠区委区政府领导和海珠区教育局的大力支持下，2016年8月原广州市南石中学与广州市第四十一中学合并重组，成为全新的“广州市第四十一中学”，原广州市南石中学校区为广州市第四十一中学东校区，并把该校区定位为海珠区小班化教育实验基地。

    2016学年，合并重组后的广州市第四十一中（东校区）以全新的面貌展现在社会和家长面前，并迅速得到社会的肯定和认可。东校区在新学年中招收了8个班，每班30名学生。整个校区开展小班化教育，课堂当中实行“135”教学模式，学生采用小组合作学习，让整个课堂活起来，全面提高课堂教学质量。同时，东校区把校本部的科学管理模式引入内部管理，教学方面与校本部统一进度、统一内容、统一评价标准，开展有效课堂研究，提高课堂教学效能；德育方面狠抓常规管理，注重国学礼仪教育，进行文明班、优秀合作小组、校园之星等评比活动，举行了班主任节、中华功夫扇、体育节等各项活动，寓教育于活动当中，学生的面貌焕然一新。全校师生精神面貌良好，信心十足，考试成绩喜人。 

    东校区秉承“修身、明志、慎思、进取”的校训，融合“至善教育”和原有的“一生一体艺”的学校特色，在开展小班化教育教学、国学礼仪教育、轮滑运动特色教育方面取得了一定的成效。学校作为“小班化教育实验基地”的试验点，正在努力探索如何充分发挥小班化教育教学的优势，提高学校的整体水平。在国学礼仪教育方面，在初一级开展了国学经典诵读活动、学习中华功夫扇，组建了学校醒狮队，让孩子们在活动中感受中华传统文化的精髓。在轮滑运动方面，学校目前在初一级普及轮滑运动，轮滑课已作为校本课程纳入正常教学计划中，保证每周每班一节轮滑课，学校组建的轮滑拉龙队、轮滑球队多次在省、市级比赛中取得优异的成绩，学校场地经过升级改造，正式成为了“中国陆地冰球联盟国家级训练基地”。

    校长牛应林致辞时表示：“广州市第四十一中学拥有3个校区，近3000名学生，248名在职在编教职工，是一所省一级公办完全中学。全体41中人将以东校区挂牌为契机，加快推进教育教学改革实验，围绕‘凝心聚力，推进教学改革，成就至善好教育；攻坚克难，着力内涵发展，创建示范性高中’中心工作，在较短的时间内把学校建成特色鲜明、内涵丰富、享有高知名度和美誉度的广东省名优实验中学。”此外，学校将会把41中的三大科技教育特色——天文科技、电子制作、机器人引入东校区。